Im Ostflügel des nicht mehr vorhandenen Kreuzgangs der Abtei St-Bénigne sind regionale Sammlungen von der Vorgeschichte bis zum Mittelalter ausgestellt. In den herrlichen romanischen Sälen werden gallo-römische Skulpturen gezeigt, darunter die Statuette der Göttin Sequana. Der frühere Schlafsaal der Mönche ist der mittelalterlichen Bildhauerkunst gewidmet. Auf einem schönen Fries sind die Muttergöttinnen von Alesia dargestellt. Sehenswert sind auch die merowingischen Sarkophage aus dem 5. und 6. Jh. im Außenbereich sowie Funde aus dem 14 bis 19. Jh. zu sehen.