Das Marinemuseum befindet sich in zwei verschiedenen Gebäuden ‒ im Westflügel des Hieronymitenklosters und im Pavillon der Galioten. Das Museum erinnert an die Vergangenheit der portugiesischen Seefahrt. Ausgestellt werden zahlreiche Schiffsmodelle: aus verschiedenen Epochen, die die Entdeckungen, die Kriegsmarine, vor allem mit alten Seekarten, und die Fischerei veranschaulichen. Den Höhepunkt der Ausstellung bildet die königliche Brigantine, die 1778 anlässlich der Hochzeit des künftigen Königs Johannes VI. gebaut wurde.