Hier war der Hauptsitz der kalifornischen Mission während ihrer Anfangsjahre. Im Altarraum der Kirche sind die sterblichen Überreste des Missionsgründers Padre Junípero Serra begraben. Noch immer dienen die majestätische Kapelle und die wiederaufgebaute Mission, die heute inmitten eines Wohngebiets liegen, als Pfarrkirche und Schule. Das Kircheninnere unterscheidet sich von anderen Missionskirchen durch grazile katenoide Bögen, die steiler sind als bei einem traditionellen Tonnengewölbe. An den Wänden hängen Ölgemälde aus dem 18. Jh., die Glocke stammt aus dem Jahr 1781. Die aus Lehmziegeln errichteten Wohngebäude des Geistlichen wurden wieder aufgebaut. Man erreicht sie durch den Serra Room, in dem ein Denkmal (20. Jh.) des Bildhauers Jo Mora für den Padre ins Auge sticht. Es sind auch silberne Altarbilder zu bewundern, die der Geistliche in die Mission brachte. Hinter der Kapelle befinden sich nachgebaute Missionsräume.