Das Historische Museum von Kreta bietet einen umfassenden Einblick in die Kultur und die Geschichte der Insel. 17 Jahrhunderte werden in chronologischer Reihenfolge präsentiert, die Einführung bildet ein interessantes Modell von Heraklion. In dem Museum werden auch die beiden einzigen auf Kreta vorhandenen Originalwerke El Grecos gezeigt, die Taufe Christi (1567) und der Blick auf den Berg Sinai und das Katharinenkloster (1570). Weitere Schwerpunkte sind der aus der Stadt stammende Schriftsteller Nikos Kazantzakis und eine kleine Volkskundeabteilung.