Die Kirche des Benediktinerstifts wurde im 17. und 18. Jh. vollkommen umgebaut, es blieben aber noch Teile aus romanischer Zeit vor allem in der Katharinenkapelle erhalten. Am Eingang trennt ein schmiedeeisernes Gitter die Vorhalle vom Kirchenschiff, dessen Schlichtheit die elegante Rokokodekoration gut zur Geltung bringt. Das Gewölbe ist mit Fresken geschmückt, die Szenen aus dem Leben von Heiligen darstellen. Im Museum St. Peter, das zum Museumskomplex Domquartier gehört, sind Kunstschätze aus der 1 300-jährigen Geschichte des Klosters ausgestellt.